Les invertébrés sont d’excellents bio-indicateurs de la qualité de l’eau et constituent une source importante de nourriture pour le saumon atlantique et la truite moucheté. L’échantillonnage d’invertébrés et l’analyse de la qualité de l’eau permettent de déterminer les effets de l’activité humaine sur la vie aquatique dans un cours d’eau spécifique. L’identification des invertébrés aquatiques nous indique le niveau de pollution et le temps d’exposition à cette pollution puisque certains groupes d’invertébrés ont des niveaux différents de tolérance à la pollution. Par exemple, si on retrouve une grande abondance de larves de mouche noire et de sangsues dans un cours d’eau, cela peut indiquer la présence d’un contaminant.